Małgorzata przyszła na świat w 1330 roku w Opawie jako szóste dziecko i piąta córka księcia opawsko-raciborskiego Mikołaja II i jego pierwszej żony Anny Raciborskiej. Jej rodzeństwem byli Jan, Eufemia, Elżbieta, Agnieszka i Anna. Kiedy miała dziesięć lat, zmarła jej matka. Później książę Mikołaj ożenił się powtórnie z księżniczką oleśnicką Jadwigą. Z małżeństwa tego urodził się Małgorzacie przyrodni brat imieniem Mikołaj. W 1359 jej macocha zmarła. Później ojciec księżniczki ożenił się po raz trzeci, tym razem z księżniczką Juttą Niemodlińską. Z małżeństwa tego urodziło się Małgorzacie jeszcze troje przyrodniego rodzeństwa: Wacław, Przemysław i Anna.
